2002-ben Manson segített a Make-A-Wish alapítványnak hogy valóra válthassa egy súlyosan beteg fiú álmát. A 16 éves Andrew Baines vágya az volt hogy egy "nagy" bandában háttérvokálozhasson; Manson kapott az alkalmon és a szárnyai alá vette Baines-t. 2002. augusztus 27.-én elvitte a stúdiójukba ahol megengedte Baines-nek hogy  a The Golden Age of Grotesque-en háttérvokálozzon. "A tegnap délutánt Andrew-val töltöttem, aki emlékeztetett arra hogy a dolgok amiket csinálok csak azok teszik teljessé akik élvezik őket. Csak szeretnék köszönetet mondani Andrew-nak hogy
egy ilyen fontos kívánságot megosztott velem."-írta a MarilynManson.com-on.

2005-ben egy aláírt maszkot adományozott a Music for Relief-nek hogy segítsék a 2004-es Tsunami áldozatait. Az aukción 155$ gyűlt össze.

2006-ban hozzájárult eg kézzel festett gitárhoz aminek eladásából minden 100$-ból egy-egy szegény gyerek hangszerét vagy zene óráit finanszírozták.
Manson gitárja 6,250$-ért kelt el.

2006-ban részt vett a Project Nightlight jótékonysági eseményen Los Angelesben ahol rövid filmeket, zenét és ruhákat használnak fel hogy
felhívják a tinédzserek figyelmét és bátorítsák őket hogy szólaljanak fel a szexuális és fizikális bántalmazások ellen. Manson a saját művészeti galériáját ajánlotta fel, és 2007. áprilisában az egyik festményének másolatát és egy keretbe foglalt Collector's Edition maszkot adományozott.

2007. decemberében Marilyn Manson egy Gibson gitáron játszott a Belgiumi koncerten, majd a hangszert aláírta és a "Music for Life" jótékonysági szervezetnek adta. Ők feltették Ebay-re ahol 3,000$-ért kelt el. A pénz az egészségügyi szolgáltatások javításáért ment Afrikába.