Marilyn Mansont először 1994. december 27.-én tartóztatták le a Jacksonville's Club 5-ban adott koncert után a "felnőtt szórakoztatási kód megsértése" miatt. Mansont 16 óra fogság után engedték ki bírság nélkül.
A rendőrség szerint Manson orálisan szexelt a színpadon a Jack of Jill énekesével, Jessicka-val aki egy mű péniszt viselt(MM szerint innen erednek a pletykák hogy kivetette a bordáit), majd vagy az ő vagy a férfi péniszét a tömegbe dobták.
2001. február 5.-én Marinoban, Olaszországban Manson második és egyben utolsó letartóztatására került sor. A Valentines Day című szám közben egy bíboros ruhát viselt és ezért istenkáromlással vádolták. Miután őrizetbe vették megállapították hogy Manson nem követett el bűncselekményt és úgy tűnt hogy minden rendben van, azonban másnap letartóztatták Bolognában nyilvános szeméremsértésért egy 1999-es koncertjéért amiről azt állítottták hogy a show közben Marilyn elővette a péniszét. Mansont kiengedték és a bírságot is csökkentették, és valószínüleg az egész ügy abból adódott hogy egy héttel a letartóztatás előtt 2 tinédzser megölt egy olasz apácát és Manson zenéjét vádolták miatta.

Szexuális kötelezettségszegés
2000. október 27.-én David Diaz polgári pert indított Manson ellen 75,000$-ra a Minneapolis-ban tartott koncertre hivatkozva a Szövetségi Bíróságon. Két nap múlva a bíróság úgy döntött hogy az állítólagos molesztálás a show része volt és MM nem lépte túl a határokat mint előadó, így nem neki adtak igazat.

Mansont "szexuális kötelezettségszegés"-sel vádolták meg 2001. augusztus 16.-án. Joshua Keasler nyújtott be panaszt ellene hogy Manson leköpte a fejét, leszorította a lábaival és a nyakának nyomta a péniszét. Az oaklandi megyei ügyész, David Gorcyca ezt mondta: "Ez offenzív, nyers és goromba volt.  Ez nem elfogadható viselkedés. A biztonsági őr egyáltalán nem volt tudatában a történéseknek és akarata ellenére történt, miközben ő azért volt ott hogy biztosítsa a védelmet....és erre szexuálisan bántalmazzák." Az ügy akár két év szabadságvesztéssel is büntethető lett volna a rendbontás tényével együtt. Az elfogatóparancs megérkezett, de Manson meghiúsította 25,000$ befizetésével.
2001. december 28.-ára tűzték ki a tárgyalást melyen az bíró elutasította a vádat, mivel szerinte Manson "nem szerzett szexuális kielégülést" az eset során. Manson könyörgött hogy ne tartsák magukat a büntetéshez és hogy később maguk között rendezik. Az eredeti büntetés 3 hónap szabadságvesztés
és 4,000$ pénzbüntetés volt. A tárgyalás után Keasler polgári pert indított ellene, azonban a felek peren kívül rendezték a dolgot 2002. februárjában.

Perek
-1996. szeptemberében a volt basszeros Gidget Gein pert indított Manson ellen 20 százalékot, azaz 17,500$-t követelve a jogdíjakból, mivel szerinte az ő keze munkája is benne volt a lemezben.
-1997.-ben a volt gitáros Scott Putesky pert indított MM ellen hogy nem fizette ki neki a jogdíjakat és pluszt pénzt kért hogy szerinte miatta lett sikeres a banda. Az ügynek 1998-ban lett vége, bár az eredményt nem hozták nyilvánosságra.
-1999. január 4.-én a SPIN szerkesztőke súlyos testi sértés miatt perelte be Mansont a New York-i Legfelsőbb Bíróságnál. A perben azt állítótta hogy MM begurult amiért nem ő került az újság címlapjára és ordibálni kezdett vele hogy: "megölhetlek, megölhetem a családodat,  megölhetek mindenkit akit ismersz!" mielőtt Manson tesőrei a földre szorították majd MM ezt mondta: "Ezt fogod kapni ha nem tisztelsz engem". A vádat ejtették hetekkel később és Mark-ot kirúgták a SPIN-től pénzügyi szabálytalanságok miatt.
-2002. április 3.-án Maria St. John azzal vádolta Mansont hogy kokaint adott a lányának és a drog hatása alatt kellett vezetnie. Az ügyet peren kívül rendezték.
-2007. augusztus 2.-án a volt billentyűs Stephen Bier pert indított ellen azzal az indokkal hogy Manson nem fizette ki őt távozásakor és 20 milliót követelt. Szerinte MM gyermek csontvázakra, emberi bőrből készült maszkokra, kitömött állatokra és náci emléktárgyakra költötte a banda pénzét. 2007. decemberében Manson pedig azzal perelte be hogy Bier nem teljesítette feladatait a zenekar tagjaként. 2008. szeptemberében bejelentették hogy Scott Putesky csatlakozott Bier mellé a perben.