Melissa "Missi" Romero Brian első komolyabb kapcsolata volt. Marilyn leírta az életrajzában is, hogy az Antichrist Superstar alatt teherbe esett tőle, de a második trimeszterben az abortusz mellett döntött. 1992-1997-ig voltak együtt, vagyis 5 évig.

 
.........................................................................................................................
Manson és Rose McGowan 1997-től jártak, MM még a kezét is megkérte. A kapcsolatnak a színésznő vetett véget 2000 decemberében, Manson életmódjára hivatkozva.







.........................................................................................................................
Manson már régóta Dita Von Teese rajongója volt és akkor találkoztak először amikor MM felkérte hogy szerepeljen a Mobscene-ben. Tartották a kapcsolatot egymással és 2001-ben amikor megjelent Manson 32. születésnapján egy pár lettek. 2004. március 22.-én egy 1930-as évekbeli, 7 karátos gyémántgyűrűvel jegyezte el. 2005. december 3.-án Gottfried Helnwein írországi kastélyában összeházasodtak. 2006. december 29.-én Dita beadta a válókeresetet "kibékíthetetlen ellentétek"-re hivatkozva. Karácsony estére már teljesen kipakolta a házukat és nem is tájékoztatta Mansont a válásról. A Daily Telegraph-nak Dita ezt nyilatkozta: "Nem támogattam a bulizásait és egy másik lánnyal való kapcsolatát. Akármennyire is szerettem őt, ennek nem akartam a részese lenni." A "másik lány" valószínüleg az akkor még 19 éves Evan Rachel Wood volt. A válás 2007 januárjáig húzódott el.
.........................................................................................................................
2007. áprilisában Evan Rachel Wood is elismerte hogy Mansonnal egy párt alkotnak. 2008. november 5.-én bejelentették hogy véget ért a közel két éves kapcsolat október 23.-án. Azonban november 7.-én már azt nyilatkozták hogy csak szüneteltetik a kapcsolatot hogy jobban tudjanak a munkájukra koncentrálni.



.........................................................................................................................
2008. december 4.-én Mansont egy új lánnyal látták, mégpedig a modell, Isani Griffith-szel. Azt elismerték hogy randiznak, de Manson ezt írta ki a hivatalos honlapjára a kiállítás után melyen kézen fogva jelentek meg: "A pletyka miszerint megtaláltam a 'pótlást' Evan helyére, vagy hogy új barátnőm van, abszolút nem igaz."



.........................................................................................................................
Evan és Manson kapcsolata végül ténylegesen véget ért, és a pornósztár és modell Stoya-val kezdett randizni. A kapcsolat nem tartott sokáig, hiszen a Running to the Edge of the World videopremiere után MM bejelentette hogy újra együtt vannak Evan-nel, sőt már meg is kérte a kezét...

.........................................................................................................................
Manson és Evan kapcsolata ismét kibírt majdnem egy újabb évet, azonban augusztusban megjelentek az első cikkek az eljegyzés felbontásáról. Állítólag sokat veszekedtek az utolsó időszakban és ez vezetett a szakításhoz.

.........................................................................................................................
Manson már a szakítás utáni éjszakán elment bulizni néhány baráttal és a 25 éves fotós Lindsay Usich-hal. Néhányszor elkapták őket a lesifotósok, azonban a románcnak 2010. novemberében vége szakadt.