Marilyn Manson & The Spooky Kids (1989-1993)
Az együttes története a 80-as évek legvégén kezdődik a floridai Fort Lauderdale-ben, itt találkozott az eredetileg Ohióból származó Brian Warner és Scott Putesky, akik 1989-ben alapították meg az együttest Marilyn Manson & The Spooky Kids  néven. Megállapodtak, hogy mindenki megváltoztatja a nevét, az új névben pedig egy szexszimbólum keresztnevét keresztezik egy sorozatgyilkos vezetéknevével. Így Brianből Marilyn Manson, Scottból pedig Daisy Berkowitz lett.
Manson írta a dalszövegeket, Daisy gitározott, hangszerelte a dalokat, és programozta a dobgépet (mivel dobosuk akkor még nem volt), a basszusért Olivia Newton-Bundy, a szintetizátorért Zsa Zsa Speck felelt. Bár az utóbbi kettő rövid időn belül távozott a zenekarból, hamar sikerült új tagokat szerezni. Gidget Gein vette át a basszust, a szintetizátor mögé pedig Madonna Wayne Gacy állt. Első demójukat 1989-ben "Meat Beat Cleaver Beat" címmel adták ki, amelyből kapott egy példányt Trent Reznor, a Nine Inch Nails frontembere, Mansonék későbbi mentora is. 1990-ben végre sikerült találniuk egy dobost, akit Sara Lee Lucas névre kereszteltek. 1993-ig több demót is készítettek, az utolsót Refrigerator címen. Ebben az évben rövidült az együttes neve Marilyn Mansonná, és Gidget Geint is kidobták a bandából túlzott heroinfogyasztása miatt, akinek a helyét Twiggy Ramirez vette át.

Portrait of an American Family-Smells like children (1994-1995)
Első lemezüket Trent Reznor segítségével adták ki 1994-ben "Portrait Of An American Family" címmel, miután a Nine Inch Nails frontembere szerződtette őket saját Nothing Records nevű kiadójához. Reznor volt a lemez producere is, melyről 3 számot adtak ki kislemezként "Get Your Guns", "Lunchbox" illetve "Dope Hat". Az albumból több, mint 2 és fél millió példány kelt el világszerte. A Nine Inch Nails tárasaságában, 1994-ben indultak első turnéjukra. Már ekkor borzolták a kedélyeket színpadi előadásmódjukkal. Ez év őszétől majdnem az év végéig tovább turnéztak a Nine Inch Nails-szel. 1994 legvégén pedig Manson azzal botránkoztatta meg ismét a közvéleményt, hogy tiszteletbeli tagságot kapott az Anton Szandor LaVey által alapította Sátán Egyházában.  A következő évben kivált az együttesből Sara Lee Lucas. Ennek oka az volt, hogy Lucast nem tartották elég jó dobosnak, ezen véleményét az énekes pedig úgy hozta a dobos tudtára, hogy egy koncert közben felgyújtotta a dobfelszerelést (illetve véletlenül a zenésztársát is). Miután megtalálták helyettesét Ginger Fish személyében, megjelentették a Smells Like Children című maxilemezt, amely a népszerűvé vált Sweet Dreams feldolgozás révén hamar dupla platinává vált, széles körű ismertséget hozva az együttesnek. Azóta az albumból több, mint 4 millió példányt adtak el világszerte.

Antichrist Superstar (1996-1997)
1996-ban, az Antichrist Superstar felvételei közben Daisy is elhagyta a zenekar sorait, az ő helyét Zim Zum vette át a turné idejére. 1996 őszén megjelent az együttes második albuma, a hírhedt Antichrist Superstar, ami a Billboard lista 3. helyén debütált, és több, mint 7 millió példány fogyott belőle világszerte. A Beautiful People és a Torniquet című dalokhoz felforgató videoklip született, majd világ körüli turnéra indultak, melynek a Dead To The World Tour nevet adták. A turné nem volt mentes a botrányoktól sem, Manson bibliát  tépett szét, dobfelszerelést gyújtott fel, vagdosta magát, a pletykákkal ellentétben viszont szexre, állatáldozásra, sátánidézésre soha sem került sor. Több dalukat filmzeneként is felhasználták, A Long Hard Road Out Of Hell-t a Spawn című filmben, az Apple of Sodom  a Lost Highway – Útvesztőben, a The Suck for Your Solution pedig a Private Parts című filmben szerepelt.

Mechanical Animals (1998-1999)
1998-ban megjelent a "Dead To The World" turné videója, melyet még ebben az évben követett az új album, Mechanical Animals címen, ami a Billboard lista 1. helyén landolt, és több,mint 8 millió fogyott belőle.[forrás?] A lemez felvételei után Zim Zum elhagyta az együttest, hogy szólókarriert kezdhessen, helyét John5 vette át. Manson meglepetést okozott a lemez eddigiektől gyökeresen eltérő hangzásvilágával. A tőlük megszokott kemény industrial metál helyett ez az album sokkal lágyabb, melankolikusabb. A hangzásvilághoz idomult az együttes külső megjelenése is, színes, csillogó glammes megjelenés jellemző. Az album első kislemeze a Dope Show volt, mely elnyerte az MTV Music Awardson a lejobb rock klipnek járó díjat, az 1999-es MTV Music Awardson pedig felléptek a "Rock Is Dead" című kislemezes dalukkal, mely a Mátrix című film betétdala is volt.
1999 áprilisában ismét kritika érte az együttest, amikor a Columbine középiskolában két fiatal megölt 12 tanulót, egy tanárt és saját magukkal is végeztek. A tragédia után Manson-t vádolták meg azzal hogy az ő zenéje ihlette meg a fiatalokat a bűntettre. Az esettel kapcsolatban Manson a következőket nyilatkozta:
„… Sokan elfelejtik és nem ébrednek a tudatára annak, hogy a kétségbeesés illetve a hipokrízis kritikájaként indítottam a zenekaromat. A Marilyn Manson név sohasem népszerűsítette azt a szomorú tényt, hogy Amerika a Time magazin címlapjára tette a gyilkosokat, és olyan hírhedtté változtassa őket, mint a kedvenc filmcsillagjainkat. Jesse James-tól Charles Mansonig a média a bűnözőket nemzeti hősökké nemesítette. Ezt tették, kreáltak két újabb ilyen »hőst« abból a szaros Dylan Kleboldból meg Eric Harrisből, amikor fényképeiket az összes újság elejére benyomták. Ne lepődjön meg senki, ha a hányatott sorsú fiatalok őket nevezik ki majd két új bálványuknak…”

Holy Wood (In The Shadow Of The Valley Of Death) (2000–2001)
Novemberben megjelent a Last Tour On Earth című koncert-dvd, majd az együttes 2000-ben elkezdte készíteni új albumukat, amely 2001-ben Holy Wood néven jött ki. A Billboard 13. helyén debütált.Ez lett az együttes legnagyobb példányszámban fogyó albuma. Több, mint 9 millió példányt adtak el belőle. Az új LP ismét változást hozott, részben visszatértek a régi, sötét, hangosabb zenéjükhöz, mellyel élesen bírálják az egyházat és, a médiát az amerikai társadalmat. A "Nobodies" című számot kifejezetten a Columbine középiskolában történtek  ihlették. Ezúttal a lemez borítója váltott ki nemtetszést a keresztény érzelmű emberekből, mivel az illusztráción Manson látható, amint Jézushoz  hasonlóan egy feszületen lóg, és állkapcsa is hiányzik. Ezt a borítót több országban be is tiltották, és arra kötelezték a kiadót, hogy takarja le Manson arcát.[3]
Az első kislemez október végén jelent meg, a Disposable Teens című dallal és néhány feldolgozással. A Guns God And Government Tour az eddigiekhez képest botránymentes volt. Ez után kétszer is szerepeltek az Ozzfesten, majd 2002-ben Twiggy Ramirez kilépett az együttesből. Az ő helyére Tim Skold, az ex-KMFDM tag érkezett, aki a következő album társproducere is lett.

The Golden Age Of Grotesque – Lest We Forget (2003–2005)
Az új albumnak a Golden Age Of Grotesque címet adták, amely 2003 májusában került a boltokba, és a Billboard 1. helyén nyitott. A megjelenése óta több, mint 4 millió példány fogyott el belőle.[forrás?] A lemez 2 kislemeze "Mobscene" illetve a "This Is The New Shit" jó eredményeket ért el a slágerlistákon, illetve szívesen játszották őket a rádiók és a zenecsatornák. Október 29-én megjelent egy újabb koncert-DVD, amelyet a Guns, God and Government World turnén készült felvételekből vágtak össze. A Grotesquhez Burlesque turné után a gitáros John 5 kivált az együttesből, az ő helyét azóta is koncertzenészek töltik be. Nem sokkal a turné után az együttes összeállította best of albumát, amelynek a Lest We Forget címet adták, amelyen a legjobb dalok mellett a Personal Jesus című feldolgozás is helyet kapott. Az album a Billboard 200-as listájának 9.helyén debütált és világszerte több, mint 3 millió példányt adtak el belőle. Az új turné keretein belül Magyarországon is koncertet adtak.

Eat me, Drink me (2007-2008)
A turné után hosszú ideig Manson esküvőjén kívül Ditta Von Teese-vel semmi sem történt az együttes körül. A hosszabb szünet után, 2007 júniusában jelentkeztek új albummal, melynek címe Eat Me Drink Me  lett. Az új anyag a 8. helyen nyitott a Billboard Top 200-as listáján, és több, mint 800.000 darabot adtak el belőle annak ellenére is, hogy jóval a megjelenés előtt a teljes album elérhetővé vált az interneten.
Az albumra melankolikus, elvont hangulat a jellemző, melynek hátterében a sikertelen házassága áll, az album központi témája így a szerelmi csalódás.
Az első kislemez a Heart-Shaped Glasses volt, melynek erotikus videoklipben akkori barátnője, Evan Rachel Wood szerepelt. Ezt követte a Putting Holes In Happiness című videó.
Már a lemez megjelenése előtt turnéra indultak, melyen európai fesztiválokra látogattak el, majd egy rövid szünet után egy körülbelül 30 megállós koncertsorozatot indítottak a trash metal egyik legmeghatározóbb együttesével, a Slayerrel, majd ismét Európa következett, mely után hamarosan bejelentették, hogy a zenekar egykori emblematikus figurájának számító dalszerző-basszugitáros, Twiggy Ramirez visszatér az együtteshez gitárosként. Az újraegyesülést egy Észak Amerikai turnéval ünnepelték meg, melyen főképp a régi, még együtt írott dalok hangzottak el.

The High End of Low (2009)
2008. január 9-én jelentették be, hogy Tim Skold elhagyja az együttest, helyét pedig a korábbi basszusgitáros, Twiggy Ramirez vette át.
2008. júniusában magyarul is megjelent egy önéletrajzi kötet Út a Pokolból címmel.
2008. augusztus 13-án az ETP festival sajtótájékoztatóján Manson bejelentette, hogy Rob Holliday helyett Wes Borland (Limp Bizkit, Black Light Burns) lett a gitáros.
Marilyn decemberben bejelentette két új szám címét a még mindig névtelen albumról: "I Wanna Kill You Like They Do In The Movies" és "Armagoddamnmotherfuckinggeddon"
Marilyn Manson új albumának neve "The High End of Low". A lemez 2009. május 26-án jelent meg. A Billboard 200-as lista 4. helyén nyitott.Amerikában az első héten 49.000 darabot adtak el belőle. Manson így nyilatkozott az albumról: „erőszakos és kegyetlen lesz”.
Január 12-én Rudy Coby, Manson egyik barátja és munkatársa myspace-es blogjában bejelentette az új album első dalát, melynek címe: "Devour". Rudy azt mondta az albumról, hogy nagyon súlyos, és hogy annyira jó,hogy nincs kedvenc száma róla.
„Azt gondolom,hogy az életem véget ért, és elkezdődött. A lemez hangzása olyan, mint a vég, de ez majdnem optimista... Ez egy főnix a tűzből, egy megváltás, feltámadás” – mondta Marilyn Manson.
Wes Borland elment a bandából, hogy újra régi együttesével, a Limp Bizkittel dolgozhasson.
A "We're From America" című szám március 27-én ingyen letölthető volt a banda hivatalos oldaláról, április 7-én pedig megjelent digitális formában.[6] A hivatalos első kislemez mégsem ebből készült, hanem az "Arma-god-damn-mother-fucking-geddon" című számból. Ez a dal április 13-án került a rádiókhoz, a klipet május 14-én mutatták be. 2009 Július 4-én a VOLT Fesztivál keretein belül Magyarországon is koncertet adott az élő legenda. A fellépése rekordot döntött: több, mint 25.000 ember volt kiváncsi az Antikrisztus Szupersztárra! November 4-én megjelent az új klip a banda hivatalos oldalán, a "Running To The Edge Of The World".