Warner 1989-ben alapította Floridában a "Marilyn Manson & the Spooky Kids"-et (a nevet 1992-ben simán 'Marilyn Manson'-ra rövidítették').
A Spooky Kids alatt Jeordie White (Twiggy Ramirez) és Stephen Gregory Bier Jr. (Madonna Wayne Gacy) is dolgozott vele két side-project-ben:
a "Satan on fire" egy faux-keresztény death metal együttes volt, ahol basszerozott, a "Mrs. Scabtree"-t pedig White-tal és a későbbi barátnőjével Jessickával
alapították és mivel sok helyen megszegték a szerződéseket, Marilyn Manson nem játszhatott egyes klubbokban.
1993 nyarán Trent Reznor érdeklődést mutatott a banda iránt és ő lett a producere első lemezüknek, a "Portrait of an American Family"-nek a Nothing Records-nál.
Egyre nagyobb népszerűségnek örvendtek az 1995-ös "Smells like children" lemezzel. A banda első nagy durranása az MTV-n
a "Sweet dreams(are made of this") 1983-mas Eurythmics feldolgozás volt. Az "Antichrist Superstar" még nagyobb sikert ért el.
Csak az Egyesült Államokban, az együttes három lemeze is elérte a platinum minősítést, további három pedig az aranyat.
Manson társelőadóként jelent meg a "DMX" albumán a "My Flesh, Blood of My Blood"-on és a "gODHEAD" lemezén, a "2000 years of human error"-on.
Zenéi számos filmben megjelentek már, ezek közül a leghíresebbek a "The Matrix", a "From Hell" és a "Resident Evil".
Miután megjelent Manson "búcsúalbuma" a "Lest we forget", átdolgozta Danny Elfman "This is Halloween" című számát ami
a "The Nightmare Before Christmas" film 2006-os új kiadásában szerepelt. Nem sokkal ezután Tim Skold-dal karöltve elkezdték készíteni a 6. lemezt, az "Eat me, Drink me"-t.
Manson egyértelműen cáfolta hogy a banda nem fog összeomlani, sőt, Twiggy Ramirez visszatért és a "The High End of Low"-ot már vele vették fel.